Πολύ λίγα αξιόπιστα στοιχεία έχουμε σχετικά τη ζωή του Μουσάσι. Τα δικά του λόγια για το θέμα καλύπτουν λιγότερο από μια σελίδα στην αρχή του Βιβλίου των Πέντε Κύκλων και οι μεταγενέστερες αφηγήσεις όπως το Νιτένκι ή το Τάνπα Χόκιν Χίκι γράφτηκαν αντίστοιχα ογδόντα και εκατόν τριάντα χρόνια μετά τον θάνατό του. Ωστόσο, μπορεί κανείς να στήσει μια βασική βιογραφία του συνδυάζοντας γεγονότα τα οποία θεωρούνται γενικώς αληθινά από τις διαθέσιμες πηγές.

Στο Βιβλίο των Πέντε Κύκλων, ο Μουσάσι γράφει ότι γεννήθηκε στο Χαρίμα, το 1584. Ο πατέρας του, Σίνμεν Μουνισάι, λέγεται ότι υπήρξε δάσκαλος του τζίτε (ενός μικρού μεταλλικού ροπάλου που διέθετε μια πλάγια προέκταση σαν «αντίχειρα» ώστε να μπορεί κανείς να αντιμετωπίζει ένα ξίφος) και ενδέχεται να εγκατέλειψε την οικογένεια όταν ο Μουσάσι ήταν πολύ μικρός.

Όταν ο Μουσάσι έγινε δεκατριών ετών, αντιμετώπισε και νίκησε στο Χαρίμα έναν ξιφομάχο της σχολής Σίντο, τον Αρίμα Κιχέι. Η δεύτερή του αναμέτρηση (και νίκη) ήταν στην ηλικία των δεκαέξι ετών, όταν νίκησε έναν ασκούμενο στις πολεμικές τέχνες που λεγόταν Ακιγιάμα και καταγόταν από το Τατζίμα. Λέγεται ότι συντάχθηκε με τις δυνάμεις του Τογιοτόμι (ο οποίος έχασε) στην ιστορικής σημασίας Μάχη της Σεκιγκαχάρα το 1600, όμως ούτε και αυτό είναι σίγουρο. Τα επόμενα χρόνια της ζωής του πρέπει να τα πέρασε εξασκούμενος σκληρά καθώς στα εικοσιένα του, πήγε στο Κιότο και συμμετέσχε σε μια σειρά από συμπλοκές με την πατριά Γιοσιόκα η οποία τότε είχε στην πόλη τη θέση του εκπαιδευτή πολεμικών τεχνών του σογκούν. Αφού σακάτεψε τον μεγαλύτερο αδελφό, τον Γιοσιόκα Σεϊτζούρο με ένα ξύλινο ξίφος και σκότωσε τον δεύτερο αδελφό, τον Ντενσιτσίρο, ο Μουσάσι αντιμετώπισε μια ομάδα μαθητών των Γιοσιόκα οι οποίοι προσπάθησαν (χωρίς επιτυχία) να εκδικηθούν τους δασκάλους τους κάτω από τα πεύκα του ναού Ιτσίτζο. Λέγεται ότι κατά τη διάρκεια της συμπλοκής με τον Σεϊτζούρο άνοιξαν τα μάτια του Μουσάσι στο στιλ των «Δύο Ουρανών».

Αφήνοντας τους Γιοσιόκα σε σύγχυση, ο Μουσάσι συνάντησε στο Χόζοϊν και νίκησε έναν μαθητή του διάσημου Ινέι, του ιερέα-λογχομάχου και στη συνέχεια, ταξιδεύοντας προς το Έντο, αντιμετώπισε τον Μούσο Γκονοσούκε, διάσημο ραβδομάχο στη μόνη συμπλοκή του που μπορεί να θεωρηθεί ως ισοπαλία. Λίγο αργότερα, αντιμετώπισε και νίκησε έναν μαχητή της σχολής Γιάγκιου, μιας σχολής που έμελλε να γίνει μια από τις πιο ξακουστές της περιόδου εκείνης, και συνεχίζοντας προς την Ίγκα, αντιμετώπισε και επίσης νίκησε τον Σισίντο Μπάικιν, ο οποίος ήταν γνωστός για τη χρήση του δρεπανιού με αλυσίδα.

Τον Απρίλιο του 1612, ο Μουσάσι έφυγε από το Κιότο και πήγε στην Κοκούρα, στο βόρειο Κιουσού. Εκεί αναζήτησε έναν από τους παλιούς μαθητές του πατέρα του ο οποίος (μαθητής) είχε πλέον γίνει υψηλόβαθμος αξιωματούχος του φέουδου Κοκούρα, προκειμένου να πάρει την άδεια να αντιμετωπίσει τον Γκάνριου Σασάκι Κοτζίρο.

Ο Κοτζίρο ήταν δάσκαλος ξιφασκίας της πατριάς Χοσοκάουα και ήταν διάσημος για το μακρύ του ξίφος (που είχε την ονομασία «Στύλος για το Άπλωμα των Ρούχων») και για μια τεχνική που χρησιμοποιούσε και που αποκαλούνταν «Τεχνική του Χελιδονιού». Η ιστορική μονομαχία έγινε στο Φουνασίμα, το οποίο σήμερα αποκαλείται Γκανριουσίμα, ένα μικρό νησάκι έξω από την Κοκούρα. Η παράδοση λέει ότι καθώς ο Μουσάσι πήγαινε στο νησί με μια βάρκα, σκάλισε ένα ξύλινο ξίφος από ένα επιπλέον κουπί που υπήρχε μέσα στη βάρκα και με αυτό χτύπησε στο κεφάλι τον άτυχο αντίπαλό του. Ο Κοτζίρο δεν επέζησε του χτυπήματος. Σύμφωνα με κάποιες αφηγήσεις, ο Μουσάσι εμφανίστηκε ξανά το 1615 για να πάρει μέρος στη μάχη του Κάστρου της Οσάκα, όπου και ηττήθηκε ολοκληρωτικά η πατριά Τογιοτόμι. Μετά τη μάχη φαίνεται ότι έφυγε για τις βόρειες επαρχίες Ντέουα και Χιτάτσι, όπου μάλλον πήρε για μαθητή του τον Ιόρι, τον οποίο αργότερα και υιοθέτησε. Αργότερα επέστρεψε στο Οουάρι της Ναγκόγια και ταξίδεψε σε αρκετές ακόμα επαρχίες, πάντα σε αναζήτηση μονομαχιών με άλλους μαχητές.

Το 1634, ο Μουσάσι πήγε ξανά στην Κοκούρα η οποία πλέον ήταν υπό την εξουσία του Ογκασαουάρα Τανταζάνε, και έμεινε εκεί για αρκετά χρόνια. Το 1637 φαίνεται ότι κατά τη διάρκεια της Εξέγερσης Σιμαμπάρα συμμετέσχε στην επίθεση στο Κάστρο Χάρα και ότι τραυματίστηκε πολλαπλά. Γυρίζοντας το 1640 στο Κιότο για να ανανήψει, λέγεται ότι συνάντησε σε μια φιλολογική ομάδα τον Χοσοκάουα Ταντατόσι, άρχοντα του Κάστρου Κουμαμότο, και ότι προσκλήθηκε από αυτόν να μείνει στο κάστρο και μάλιστα στην κατοικία του σαν προσωπικός του καλεσμένος. Ο Μουσάσι δέχτηκε και συνέχισε εκεί να εξασκείται και να διδάσκει την πολεμική του τέχνη.

Τον Φεβρουάριο του 1641, κατόπιν παράκλησης του Άρχοντα Χοσοκάουα, ο Μουσάσι έγραψε τα Τριάντα Πέντε Άρθρα για τις Πολεμικές Τέχνες –ήταν η πρώτη φορά που κατέγραφε το στιλ του και από αυτό το βασικό κείμενο θα προερχόταν τελικά και το Βιβλίο των Πέντε Κύκλων. Δυστυχώς, ο Ταντατόσι πέθανε λίγο καιρό μετά, σε ηλικία πενήντα τεσσάρων ετών, συντρίβοντας τις ελπίδες του Μουσάσι για μια επίσημη αναγνώριση του στιλ του. Από το σημείο αυτό, ξεκίνησε μια περίοδος κατά τη διάρκεια της οποίας ο διάσημος ξιφομάχος ασχολούταν όλο και περισσότερο με την ποίηση, την τελετή του τσαγιού, τη ζωγραφική και τη γλυπτική.

Γύρω στο 1643, ο Μουσάσι θα πρέπει πλέον να αισθανόταν κάποια σημάδια από την αρρώστια που θα αποδεικνυόταν μοιραία γι αυτόν. Στις 10 Οκτωβρίου του έτους εκείνου, σε μια πράξη εξαγνισμού, «σκαρφάλωσε στο Όρος Ιουάτο, στην επαρχία Χίγκο του νησιού Κιουσού, υποκλίθηκε με σεβασμό στον Ουρανό, έκανε μια λατρευτική τελετή προς την Κάνον και στάθηκε μπροστά στον Βούδα», και άρχισε να συνθέτει το Βιβλίο των Πέντε Κύκλων. Το έργο θα συμπληρωνόταν μετά από δύο χρόνια διαλογισμού πάνω στις εμπειρίες του.

Γύρω στην άνοιξη του 1645, η αρρώστια του, η οποία λέγεται ότι μάλλον ήταν κάποια μορφή καρκίνου του θώρακος, σταδιακά επιδεινώθηκε, και τον Απρίλιο αποσύρθηκε στο Σπήλαιο Ρεϊγκάν του Όρους Ιουάτο (το οποίο λέγεται και Όρος Ιουατόνο), στο μέρος που τα παλιότερα χρόνια πήγαινε για να ασκηθεί στο ζαζέν, θέλοντας να περιμένει υπομονετικά τον θάνατό του. Πείσθηκε, ωστόσο, να επιστρέψει στην κατοικία του όπου θα τον φρόντιζαν οι μαθητές του και στις 12 Μαΐου, όταν η κατάστασή του έγινε κρίσιμη, έδωσε στους μαθητές του κάποια αποχαιρετιστήρια δώρα και έγραψε τον «Δρόμο του να Βαδίζεις Μόνος» (ή «Δρόμο της Αυτοδυναμίας»), εικοσιένα σημεία-απόψεις για την αυτοπειθαρχία. Ήταν το τελευταίο του κληροδότημα για τις επερχόμενες γενεές.

Στις 19 Μαΐου του 1645, ο Μιγιαμότο (Σίνμεν) Μουσάσι, πέθανε στην κατοικία του στην ηλικία των εξήντα δύο ετών –τουλάχιστον σύμφωνα με τις περισσότερες αφηγήσεις. Ο ιερέας Σουνζάν, με τον οποίο ο Μουσάσι είχε μελετήσει Ζεν τέλεσε μια επιμνημόσυνη λειτουργία και καθώς έψελνε τις σούτρες, λέγεται ότι ο ουρανός ξαφνικά σκοτείνιασε και ακούστηκε μια πολύ δυνατή βροντή ώστε να μάθει όλος ο κόσμος ότι είχε πεθάνει ο μεγάλος ξιφομάχος.

Του Ουίλιαμ Σκοτ Ουίλσον